داستان Batman Arkham Origins به پنج سال قبل از وقایع نسخه های قبلی می پردازد، در شب های تاریک گاتهام و خصوصا شب کریسمس، فردی به نام Black Mask طی اطلاعیه ای به تمام خلافکاران این شهر وعده یک جایزه ۵۰ میلیون دلاری را به ازای کشتن بتمن و آوردن سر وی می دهد،