داستان بازی در اوایل قرن هجدهم و در دوران طلایی دزدان دریایی جریان دارد. شما در نقش ادوارد کنوی Edward Kenway، یک دزد دریایی جاه‌طلب و ماجراجو، وارد دنیایی پرآشوب از جنگ، طمع، آزادی و خیانت می‌شوید.

داستان بازی Crimson Desert در قاره Pywel اتفاق می‌افتد، سرزمینی که درگیر جنگ‌های بی‌امان برای کسب قدرت بی‌سابقه است و نشانه‌های فاجعه‌ای قریب‌الوقوع در سراسر آن آشکار می‌شود.

شما را در نقش یکی از اعضای قوم Navi قرار می‌دهد که سال‌ها پیش توسط سازمان نظامی RDA ربوده شده و تحت آموزش انسان‌ها قرار گرفته است.

شما در نقش مأمور ویژه سرگئی نچایف بازی می‌کنید.

داستان بازی درباره اِما است که به دلیل بیماری‌اش از جامعه رانده شده و یک سگ بیمار به نام کوو او را همراهی می‌کند.