داستان بازی در اوایل قرن هجدهم و در دوران طلایی دزدان دریایی جریان دارد. شما در نقش ادوارد کنوی Edward Kenway، یک دزد دریایی جاه‌طلب و ماجراجو، وارد دنیایی پرآشوب از جنگ، طمع، آزادی و خیانت می‌شوید.

شما را وارد دنیایی ویران‌شده می‌کند؛ سرزمینی که بقایای تمدن‌های گذشته و جنگجویانی که زمانی قدرتمند بوده‌اند در آن به حال خود رها شده‌اند.

بازی از جایی آغاز می‌شود که پیتر پارکر و مایلز مورالز در تلاش برای حفاظت از شهر نیویورک هستند.

داستان بازی در دوره سن‌گوکو ژاپن روایت می‌شود و بازیکن در نقش تاکوگاوا تاکه‌چی‌یو قرار می‌گیرد، کسی که درگیر نبردی تلخ با برادرش کونیماتسو می‌شود.

در جهانی روایت می‌شود که بشریت درگیر جنگی سرنوشت‌ساز با Covenant است.